故事发生不久的将来，2052年时世界一片混乱，洪水爆发、经济衰败、污染遍地、恐怖活动横行，绝症%26quot;灰死病%26quot;（Gray Death）到处肆虐。玩家扮演身上加装%26quot;分子机械%26quot;的新一代人类，为%26quot;联合国反恐怖联盟%26quot;（UNATCO，United Nation Anti-Terrorist Coalition，这是真实存在的组织）新进探员，奉命调查%26quot;灰死病%26quot;疫苗在运送途中被恐怖份子劫持的事件，而在逐渐深入调查之后发现疫苗事件只是冰山一角。朋友与敌人的界线慢慢模糊甚至掉换，每一件事背后似乎都有骇人听闻的阴谋，而全部的阴谋都指向同一个组织，一个隐匿数年准备一举接管全世界的地下团体。 1． New York Liberty Island 一开始你位于SOUTH DOCK，向前走，在右边地上可以捡到一个撬杆。打碎旁边的木箱可以捡到望远镜（其他的东西没什么实际用处，不捡也罢）。继续走转左，看到一个黑衣人，他就是你哥哥PAUL DENTON了，对话后了解一些信息并接受任务--去图书馆解救人质。最后他会让你从狙击枪，GEP GUN（发射榴弹）或者弩三种武器中挑一件（我选了狙击枪），挑完就可以从出口出去了。出了SOUTH DOCK向右转贴着墙一直走，躲开巡逻的NSF恐怖分子（当然也可以一路杀过去），到达NORTH DOCK的入口，里面有两个恐怖分子，干掉他们之后，走去海边的小屋，见到HARLEY FIBEN，跟他谈话（对话是有个选择，我选了YOU CAN TRUST ME），拿到正门钥匙和恐怖分子头子的相片之后就可以离开了。屋里有一个女孩DRIFT，和她对话可获取一些子弹。离开NORTH DOCK，准备进入图书馆，这里有两种方法。 方法一：出了NORTH DOCK一直走，穿过一段很黑的路段之后，就来到了图书馆正门附近。恐怖分子在门口设置了一个自动防卫机器人来回巡逻，小心地躲开它（只要不在它正面出现或攻击它就没事），先走去对面，在一个箱子顶上看到一个电子记事本，阅读它可得到正门控制器的用户名和密码（用户名：NSF001，密码：SMASHTHESTATE）。趁防卫机器人走到另外一边的时候，赶快跑到正门前面，在左边的墙上发现控制器，打开它输入刚才得到的用户名和密码，启动控制器，打开正门并关掉正门上边的感应控制机关枪。从正门进去，小心躲开守卫和墙上的感应器（这里要万分小心，被发现的话，会有守卫拉响警报导致大批恐怖分子冲出来），从大厅雕塑后面的楼梯上去，往上走一直到顶楼。 方法二：出了NORTH DOCK向左走（就是来的时候经过的路），走到摆放了一大堆集装箱的地方。从梯子上去（有些跳不上去的地方可搬动旁边的箱子来垫脚），这样就可以到达图书馆的屋顶。干掉屋顶的守卫，走到一个有斜坡向上的地方。这里可以从斜坡下面的门口进去，沿楼梯往上走。或者沿斜坡向上，上面一共有四个入口，其中一个有两个守卫，另外三个有感应毒气释放器（可以摘下来）。进去以后，从中间屋子左边的楼梯向上。 终于来到了最高一层，看到了恐怖分子头子，和他对话之后，（不要激怒他，对话的时候选TELL ME ABOUT THE SHIPMENT AND I’LL ORDER THE TROOPS TO PICK YOU UP AS A PRISONER INSTEAD OF CORPSE）图书馆的任务就完成了，整个LIBERTY ISLAND地区都安全了。离开图书馆，来到UNATCO HQ（UNATCO总部，就在SOUTH DOCK出口附近），和门口的PAUL对话之后，进入总部，沿楼梯向下，来到地下第二层，进入JOSEPH MANDERLEY的办公室。进去以后，先和他的秘书交谈，拿到用户名和密码（用户名：JCD，密码：BIONICMAN），以后就可以在电脑上查询一些资料了。 进入里屋，和MANDERLEY交谈之后。出了办公室，在向下走，来到地下第三层，在JAIME REYES处接受身体检查，在SAM CARTOR那里取得装备。然后回到第二层MANDERLEY的办公室，和PAUL以及MANDERLEY对话之后，出来进入旁边的休息室，进入休息室里右边的门，看到里面有一男一女在争论些什么，和那个女探员对话，得知她就是ANNA NAVORRE，自己将来的行动同伴。来到一开始的SOUTH DOCK，看到海边有一艘船，上船（对准船右击鼠标）就可以离开LIBERTY ISLAND了。